Mitarbeiterausgaben (z. B. Kraftstoff, Hotel, Geschäftsreisen) werden mit strukturierten Rechnungen in KSeF erfasst, wenn sie auf Firmendaten ausgestellt sind. Mitarbeiter können eine Visualisierung (z. B. PDF mit QR-Code) erhalten, aber die formelle Quelle ist der Eintrag im KSeF. Dadurch hat die Buchhaltung die Gewissheit, dass das Dokument authentisch und mehrwertsteuerlich absetzbar ist, sofern es die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt.
Wird die Rechnung auf den Namen des Mitarbeiters ausgestellt, besteht in der Regel kein Anspruch auf Vorsteuerabzug. In diesem Fall ist es am besten, eine Korrektur auf den Namen des Unternehmens zu beantragen. Es ist auch zu beachten, dass bestimmte Personalkosten – z. B. Hotel- und Gastronomiedienstleistungen – grundsätzlich nicht zum Vorsteuerabzug berechtigen. In der Praxis verknüpfen Unternehmen die Daten aus dem KSeF mit ERP-Systemen und Dienstreiseberichten, um die Ausgaben der Mitarbeiter automatisch den entsprechenden Kostenstellen zuzuordnen.